Le savant Aronnax, accompagné de Conseil, son domestique, ainsi que d'un harponneur, Ned Land, embarquent sur la frégate Abraham-Lincoln pour capturer ce qu'ils croient être un monstre marin... Or, le monstre n'est autre que le Nautilus, le sous-marin du capitaine Nemo. Prisonniers du submersible, ils assisteront à une inhumation dans les fonds marins, découvriront l'Atlantide, lutteront contre des pieuvres géantes et comprendront que le mystérieux capitaine Nemo n'est pas le moindre des dangers qu'ils auront à affronter.