Guéri du complexe d'Atlantis, Artemis Fowl voit sa tranquillité troublée par le retour d'Opale Koboï, une fée lutine, ennemie de toujours. Evadée de prison, elle veut détruire l'humanité et s'autoproclamer impératrice du Peuple des Fées. Pour y parvenir, elle décide de libérer les esprits d'anciens guerriers-fées enterrés dans le manoir des Fowl pour s'approprier le corps des vivants.
