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En compagnie de White, Black poursuit son rêve de battre la ligue et devenir le nouveau champion des dresseurs avec ses Pokémons Munna et Gruikui. L'étrange organisation Ginga continue sa lutte contre l'exploitation des Pokémons par l'homme et commence à faire changer les mentalités.

Noir a vaincu Inézia et prépare son départ pour la prochaine arène mais il est interrompu par l'état préoccupant de Blanche. Celle-ci, à la suite d'une rencontre avec N, remet en cause sa manière de s'occuper de ses Pokémin. Elle se sépare de Noir et monte dans le métro combat. Pendant ce temps, Tcheren est confrontée à une unité de la Team Plasma et l'aide de Noir ne sera pas de trop.

Noir parvient à vaincre les champions d'arène d'Ogoesse à l'aide de Tcheren et Bianca. Blanche, quant à elle est débordée car elle doit présenter un projet de comédie musicale au maire de Méanville.

Alors qu'il se prépare à affronter son 5e champion d'arène en la personne de Carolina, Noir découvre que tous les champions se sont réunis pour contrer la Team Plasma qui va lancer une attaque chez Aloé pour récupérer le mystérieux galet noir qui renferme Zekrom !

Alors que la Team Plasma s'est emparé de Zekrom, Fulguri Boréas et Démétéros, tout espoir parait perdu. Pourtant, Zhu croit voir en Noir le salut, lui qui semble avoir été choisi par Reshiram. De son côté, Blanche et Bianca vont faire la connaissance de Meloetta, un mystérieux pokémon légendaire.

Les aventures des Pokémons continuent, avec de nouveaux personnages, et toujours de nombreux combats et festivités.

Lors du combat pour le titre de Champion de la Ligue, la Team Plasma continue à comploter. Noir va-t-il s'en sortir ?